تأسس قسم الهندسة الصناعیة فی جامعة یزد عام 1991، ومنذ ذلک الحین أسهم فی بناء بیئة أکادیمیة متمیزة على مدى أکثر من ثلاثة عقود. وقد بدأ القسم نشاطه باستقبال أول دفعة ضمت خمسةً وعشرین طالبًا، ثم شهد توسعًا تدریجیًا فی برامجه الأکادیمیة؛ إذ أُطلق برنامج البکالوریوس عام 1993، تلاه برنامج الماجستیر عام 2000، ثم برنامج الدکتوراه عام 2008.

یتمیز القسم بتنوع برامجه وتخصصاته؛ ففی مرحلة الماجستیر یطرح تخصصات إدارة النظم والإنتاجیة (منذ عام 2001)، والهندسة الصناعیة (منذ عام 2009)، وهندسة النظم الاقتصادیة والاجتماعیة (منذ عام 2015)، وإدارة المشروعات (منذ عام 2022). أما فی مرحلة الدکتوراه، فیقدم تخصصی إدارة النظم والإنتاجیة (منذ عام 2007) والهندسة الصناعیة (منذ عام 2012).

ویتکون القسم من ثلاثة محاور أکادیمیة رئیسة، هی: بحوث العملیات والتحسین، وتحلیل النظم والجودة، والإنتاجیة. کما یضم مرکزًا متطورًا للحاسوب یتیح لأعضاء هیئة التدریس وطلبة الدکتوراه والموظفین خدمات الاتصال بالإنترنت، إلى جانب برامج تدریبیة متخصصة فی مجالی الهندسة الصناعیة وتقنیة المعلومات. ویحتوی القسم کذلک على مکتبة علمیة متکاملة تضم مجموعة واسعة من الکتب والمراجع، بما یلبی الاحتیاجات التعلیمیة والبحثیة لطلبة مختلف المراحل الدراسیة.