تأسَّست کلیةُ الریاضیات فی جامعة یزد عام 1990، إیذانًا ببدء الأنشطة الأکادیمیة فی مختلف فروع الریاضیات، بما فی ذلک الریاضیات البحتة، والریاضیات التطبیقیة فی علوم الحاسوب، وبحوث العملیات. وفی عام 1992، أُدمجت جامعةُ تربیت معلِّم بجامعة یزد، فانضمَّ قسمُ الریاضیات فیها، الذی کان قد أُسس عام 1976، إلى کلیة الریاضیات بجامعة یزد، وبذلک امتدَّ التاریخ الأکادیمی للکلیة لیعود إلى عام 1976.

وفی عام 1995، افتُتح برنامجُ الماجستیر فی الریاضیات، ثم أُطلق أول برنامج للدکتوراه فی الریاضیات عام 2005. وشهد عام 2010 تطورًا مبدئیاً بارزًا تمثَّل فی فصل قسمی الریاضیات البحتة والریاضیات التطبیقیة، کما استُحدث فی عام 2011 برنامجُ الماجستیر فی الریاضیات المالیة، بما عزَّز الطابع البینی للدراسات الریاضیة.

واستجابةً للمتطلبات المتزایدة للدراسات البینیة، وللحاجة التعلیمیة إلى تقدیم المقررات الأساسیة فی الإحصاء والاحتمالات، أخذت کلیة الریاضیات فی استقطاب أعضاء هیئة تدریس متخصصین فی علم الإحصاء. وخلال الفترة الممتدة من عام 1990 إلى عام 1999، نجحت الکلیة فی تعیین ثلاثة من أعضاء هیئة التدریس المتمیزین فی هذا التخصص.

وشکَّل تأسیس قسم الإحصاء عام 2005 محطةً مفصلیة فی مسیرة الکلیة، إذ بدأ القسم فی العام نفسه قبول الطلبة فی مرحلة البکالوریوس. ثم أُنشئ برنامج الماجستیر فی الإحصاء عام 2007، تلاه برنامج الدکتوراه عام 2012. ومنذ أکتوبر/تشرین الأول 2016، بدأ القسم فی قبول الطلبة فی تخصص الإحصاء الاجتماعی والاقتصادی، مما أسهم فی توسیع نطاق برامجه الأکادیمیة.

وإلى جانب برامجه الراسخة، واصلت الکلیة التوسع فی التخصصات الحدیثة، حیث بدأت منذ عام 2020 قبول الطلبة فی برنامج الماجستیر فی علم البیانات. وتضم الکلیة حالیًا أربعة أقسام أکادیمیة، هی:

• قسم الریاضیات البحتة
• قسم الریاضیات التطبیقیة
• قسم علوم الحاسوب
• قسم الإحصاء.