تأسس قسم اللاهوت بجامعة یزد فی عام ۲۰۰۰، حیث بدأ بتقدیم برامج البکالوریوس (B.A.) فی "الفقه" و"الحقوق الإسلامیة". وفی عام ۲۰۰۸، توسّع القسم لیشمل برامج الماجستیر (M.A.) فی التخصصات ذاتها، تعزیزًا لمسیرته الأکادیمیة.

وفی خطوة نوعیة لتعمیق الحقول المعرفیة، أطلق القسم فی عام 2010 برنامج ماجستیر فی دراسات نهج البلاغة، بتخصصین دقیقین هما: "العلوم الاجتماعیة والسیاسیة" و"القانون العام".

وقد حقق القسم إنجازًا بارزًا فی عام ۲۰۱۲ بإطلاق أول برنامج دکتوراه (Ph.D.) فی "التفسیر المقارن"، لیصبح من أوائل الأقسام على مستوى الجامعات الإیرانیة التی تقدم هذا التخصص.

یواصل القسم الیوم أداء رسالته التعلیمیة والبحثیة، بدعم من هیئة تدریسیة متخصصة وعدد من المحاضرین المتعاونین، مما یساهم فی ترسیخ مکانته کمرجعیة أکادیمیة فی میدان اللاهوت.