دانشگاه یزد دارای یک مجتمع خوابگاهیِ پسران با ظرفیت ۳۰۰۰ نفر، و یک مجتمع خوابگاهی دختران با ظرفیت ۳۷۰۰ نفر در پردیسه اصلی است.
سرویس رفتوآمد دانشجویان بین خوابگاهها و دانشگاه به صورت رایگان برقرار است و در مجموعه خوابگاهی میتوانند از امکاناتی نظیر تایپ و تکثیر، فروشگاه، بوفه و سالن ورزشی استفاده کنند.
دانشگاه یزد ۱۰ سالن غذاخوری دارد که در سه وعده (صبحانه، ناهار و شام) با تنوّع غذایی و کیفیت مطلوب به دانشجویان سرویس میدهد. برای رفاه حال دانشجویان بینالمللی، خوابگاهی مجزا ساخته شده است.