دانشکده ریاضی دانشگاه یزد سال ۱۳۶۹ با پذیرش دانشجو در رشتههای ریاضیات و کاربرد آن در کامپیوتر و ریاضیات و کاربرد آن در تحقیق در عملیات دانشجو پذیرفت. سپس در سال ۱۳۷۱ با ادغام دانشگاه تربیت معلم در دانشگاه یزد؛ گروه ریاضی آن دانشگاه که در سال ۱۳۵۵ تاسیس شده بود به دانشکده ریاضی دانشگاه یزد پیوست. با ادغام گروه ریاضی دانشگاه تربیت معلم تاریخ فعالیت دانشکده به سال ۱۳۵۵ بازگشت. در سال ۱۳۷۴ دوره کارشناسی ارشد ریاضی، در بهمنماه ۱۳۸۳ اولین دوره دانشجویان دوره دکترای ریاضی راهاندازی شد و در سال ۱۳۸۹ گروههای ریاضی محض و کاربردی از یکدیگر جدا شدند. در سال ۱۳۹۰ دوره کارشناسیارشد ریاضی مالی راهاندازی شد. دانشکده ریاضی برای پاسخگویی به نیاز سایر رشتهها و تدریس دروس سرویسی آمار و احتمال، اقدام به جذب عضو هیأت علمی متخصص در رشته آمار نمود. در این رابطه از سال ۱۳۶۹ تا سال ۱۳۷۸ دانشکده ریاضی موفق به جذب سه عضو هیأت علمی گردید. گروه آمار در سال ۱۳۸۳ تشکیل شد و از همان سال اقدام به پذیرش دانشجوی کارشناسی در این رشته نمود. دوره کارشناسیارشد آمار در سال ۱۳۸۶ و دوره دکتری آن در سال ۱۳۹۱ دایر گردید. گروه آمار از مهرماه ۹۵ اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسیارشد آمار اقتصادی- اجتماعی نموده است. همچنین این دانشکده در رشته علم داده از سال ۱۳۹۹ اقدام به پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد کرده است. هماکنون این دانشکده چهار گروه آموزشی زیر را شامل میشود:
- گروه ریاضی محض
- گروه ریاضی کاربردی
- گروه علوم کامپیوتر
- گروه آمار
جدول زیر بیانگر دورههای مختلف آموزشی (رشتهها و گرایشها) دایر در دانشکده و زمان تاسیس آنها است.