بخش تاریخ یکی از قدیمی‌ترین بخش‌های آموزشی دانشگاه یزد است. این بخش با ۶ نفر عضو هیأت علمی در رشته تاریخ مقطع کارشناسی از سال ۱۳۵۷ در دانش‌سرای عالی کار خود را شروع کرد و از مهر ۱۳۸۷ در رشته‌ی ایران‌شناسی مقطع کارشناسی ارشد و از مهر ۱۳۹۱ در مقطع کارشناسی ارشد فرهنگ و تمدن اسلامی پذیرش دانشجو داشته است و در حال حاضر دارای ۸ عضو هیأت علمی، یک رشته کارشناسی تاریخ و دو گرایش ایران شناسی و ایران دوره اسلامی می‌باشد.