دانشکده فیزیک از ابتدای تأسیس دانشگاه یزد در گروه‌های آموزشی فیزیک هسته‌ای و فیزیک حالت جامد فعالیت‌های آموزشی خود را آغاز نمود، سپس به تدریج گروه‌های اتمی مولکولی، ذرات بنیادی و هواشناسی به آن اضافه شد و در حال حاضر در پنج گروه آموزشی فوق‌الذکر در مقاطع تحصیلی کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری تخصصی، فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی در حال انجام است. این دانشکده در گرایش‌های مختلف آموزشی فعالیت می‌کند.