حوزه تحصیلات تکمیلی دانشگاه یزد از سال ۱۳۷۲ با پذیرش ۹ دانشجوی رشته زبان و ادبیات فارسی در مقطع کارشناسی ارشد شروع به فعالیت نمود. در ادامه با توسعه سایر رشته‌های کارشناسی ارشد از سال ۱۳۷۹ اقدام به پذیرش دانشجوی دکترا مجددا در رشته زبان و ادبیات فارسی نمود. هم اینک بالغ بر ۱۱۰ رشته گرایش کارشناسی ارشد با ظرفیت سالانه بیش از دو هزار نفر و ۵۰رشته گرایش دکترا با ظرفیت سالانه بیش از ۲۵۰ نفر دانشجو در این دانشگاه دایر است. مدیران تحصیلات تکمیلی از ابتدا تاکنون به شرح ذیل بوده‌اند:

• آقای دکتر رسول روزگار از سال ۱۳۹۶ تاکنون.
• آقای دکتر حمیدرضا زارع از سال ۱۳۹۲ تا سال ۱۳۹۶.
• آقای دکتر محمدمهدی لطفی از سال ۱۳۹۱ تا سال ۱۳۹۲.
• آقای دکتر سیدمحمدمهدی حسینی از سال ۱۳۸۹ تا سال ۱۳۹۱.
• آقای دکتر محمدرضا تابان از سال ۱۳۸۵ تا سال ۱۳۸۹.
• آقای دکتر حمیدرضا ابوطالبی از فروردین سال ۱۳۸۵ تا آبان سال ۱۳۸۵.
• خانم دکتر شایسته دادفرنیا از سال ۱۳۷۵ تا سال ۱۳۸۴.