طراحی و اجرای یک طرح جامع برای ارتقاء کیفیت آموزش، با هدف ساماندهی به اقدامات مختلف مورد نظر در این حوزه، از خردادماه ۱۳۹۹ در دستور کار معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشگاه یزد قرار گرفت.
در تدوین طرح، دو ویژگی "جامع بودن" و "عملیاتی بودن" مورد توجه جدی قرار داشت. با هدف تدوین یک طرح جامع، که تا حد ممکن تمام حوزه‌های مرتبط با آموزش در آن لحاظ شده باشد، سعی شد طی جلسات متعدد با مدیران فعلی و قبلی حوزه آموزش و تعداد قابل توجهی از اساتید صاحب‌نظر و باتجربه دانشگاه، آسیب‌شناسی کاملی روی وضع موجود انجام شده و اشکالات موجود در حوزه آموزش شناسایی گردد. همچنین با هدف "عملیاتی بودن" طرح، سعی شد که به موازات شناسایی اشکالات موجود، برای رفع هرکدام از آنها، یک یا چند راهکار پیشنهادی نیز مطرح گردد.
نهایتاً بعد از بررسی طرح در دو جلسه با مدیران آموزشی دانشگاه، دو جلسه با اعضای شورای آموزشی دانشگاه و سه جلسه با حضور تعدادی از مدیران قبلی حوزه آموزش و جمعی از اساتید خبره، کلیات طرح طی دو جلسه در بهمن‌ماه ۱۳۹۹ در شورای دانشگاه مطرح و پس از دریافت نظرات روسای محترم پردیس‌ها و دانشکده‌های مستقل دانشگاه، مورد تصویب قرار گرفت و طرح وارد فاز اجرایی خود شد.
در این مرحله، ابتدا طی یک نظرسنجی از مدیران حوزه معاونت آموزشی، روسا و معاونین دانشکده‌ها و تعدادی از اساتید دانشگاه، راهکارهای پیشنهادی در طرح از دو جنبه "اهمیت" و "عملیاتی بودن" مورد اولویت‌سنجی قرا گرفت و نتایج آن در اختیار مدیران واحدهای اجرایی مختلف دانشگاه قرار گرفت. پس از آن، بر اساس شیوه‌نامه اجرایی طرح، پیشنهاد اجرای فعالیت‌های مختلف مرتبط با طرح، توسط واحدهای اجرایی مختلف ارائه شده و پس از تصویب در جلسات کارگروه راهبری و نظارت طرح (که به صورت ماهیانه تشکیل می گردد)، تدوین دستورالعمل‌های اجرایی و اجرای آن آغاز می‌گردد.