پژوهشکده معماری بومی دانشگاه یزد در سال ۱۳۸۵ با کسب موافقت اصولی با عنوان مرکز پژوهشی معماری گلین آغاز به کار نموده و در سال ۱۳۹۲ با کسب موافقت قطعی به پژوهشکده معماری بومی تغییرنام یافت. توجه به دست‌ساخته‌های گلین انسان توجه به دیرینه‌ترین یار و همسفر و گویاترین آیینه صادق کیفیت سکنا گزینی او در این جهان است. بخش عظیمی از میراث ایران مربوط به پیش از تاریخ تا دنیای معاصر از سازه‌های گلین شکل گرفته و نیازمند دانش لازم در چگونگی مواجه حفاظتی با آن است.
ماموریت جامع پژوهشکده، گردآوری تجربیات مرتبط با شهر، معماری و دست‌ساخته‌های بومی همراه با ارتقای این یافته‌ها در پرتو دانش معاصر به منظور کاربست آن‌ها در شرایط جاری می‌باشد. در تداوم اهداف ملی مشخص‌شده در برنامه توسعه کشور و با در نظر گرفتن قابلیت‌ها و توانمندی‌های دانشگاه یزد، استفاده حداکثری از ذخایر مادی و معنوی بومی و به خدمت گرفتن آن‌ها در جهت ارتقا و توسعه معماری روز این سرزمین، رکن اصلی مأموریت این مرکز پژوهشی را شکل می‌دهد.
مهم‌ترین اهداف پژوهشکده معماری بومی
- صیانت از سرمایه‌های ملی نهفته در میراث بومی
- ترویج مجدد کاربرد مصالح بومی به عنوان سازگارترین مصالح با محیط زیست
- بهینه‌سازی مصرف انرژی در معماری
- حفاظت، مرمت و احیای پایدار بافت‌ها و بناهای بومی
- ارتقا و رشد معماری امروز با تکیه بر دانسته‌های بومی
پژوهشکده معماری بومی مشتمل بر چهار گروه پژوهشی "معماری گلین"، "شهربومی"، "هنر و دست‌ساخته‌ها" و "سازه‌های گلین" می‌باشد. مأموریت گروه معماری گلین، مطالعه و پژوهش در زمینه‌های مرتبط با معماری گلین همراه با ارتقای این یافته‌ها در پرتو دانش معاصر به منظور کاربست آن‌ها در شرایط جاری می‌باشد. مأموریت گروه شهر بومی، پژوهش در حوزه شهر بومی به منظور تلفیق نتایج حاصل با شرایط و دانش نوین در راستای ارتقاء پایداری شهرهای ایرانی - اسلامی است. ماموریت گروه هنر و دست‌ساخته‌ها، بهره‌گیری از فرآورده‌های هنری و دست‌ساخته‌های بوم‌آورد آقلیم مرکزی ایران به منظور شناسایی قابلیت‌ها و صیانت از مواریث به‌جای مانده با هدف توسعه و گسترش آن‌ها در امتزاج با فنون و روش‌های علمی نوین می‌باشد. ماموریت گروه سازه‌های گلین، طراحی سازه‌های گلین مقاوم در برابر زلزله به منظور ارتقا، ترویج و احیای معماری خاکی در کشور است.