به منظور پیاده‌سازی سند آمایش آموزش عالی کشور مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی (مصوب ۱۳۸۴)، وزارت علوم، تحقیقات و فناوری (عتف) با هدف تمرکززدایی، افزایش کارایی و اثربخشی نظام آموزش عالی کشور و در انطباق با قانون اهداف، وظائف و تشکیلات وزارت عتف (مصوب ۱۳۸۳) اصلاح ساختار حکمرانی نظام آموزش عالی را در دستور کار قرار داد. در این راستا، کاهش فعالیت‌های وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در حوزه تصدی‌گری و تمرکز ویژه به سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی و نظارت به عنوان یکی از برنامه‌های مهم وزارت علوم، تحقیقات و فناوری (عتف) مورد توجه قرار گرفت. پیرو این برنامه راهبردی، وزارت علوم، تحقیقات و فناوری (عتف) سیاست مدیریت استانی موسسات آموزش عالی کشور را با رویکرد تمرکززدائی و ماموریت‌گرایی نظام آموزش عالی کشور اتخاذ نمود و ستاد راهبری اجرای نقشه جامع علمی کشور آیین‌نامه مدیریت استانی موسسات آموزش عالی را مصوب نمود.

مهم‌ترین اهداف آیین‌نامه مدیریت استانی موسسات آموزش عالی به شرح زیر است:

شورای مدیریت استانی آموزش عالی استان یزد

به استناد آئین نامه « پیاده‌سازی سند آمایش آموزش عالی کشور- مدیریت استانی موسسات آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری» شورای مدیریت آموزش عالی استان یزد به عنوان بالاترین مرجع هماهنگی سیاست‌ها و برنامه‌های آموزش عالی در سطح استان با ترکیب اعضا زیر تشکیل گردید:

همچنین بر اساس آیین‌نامه ابلاغی وزارت عتف، دانشگاه معین (دانشگاه یزد) یک دبیرخانه امور اجرایی مرتبط با فعالیت‌های تعریف شده در استان خواهد داشت. وظایف دبیرخانه پیگیری اجرای وظایف ابلاغ‌شده از طرف وزارت در بخش‌های مختلف، هماهنگی‌های مربوط به برگزاری جلسات شورا و تشکیل کارگروه‌های تخصصی ذیل آن و جلسات کارشناسی ستادی، تهیه بانک اطلاعاتی جامع آموزش عالی استانی در بخش‌های مختلف و تهیه گزارش‌های عملکردی و سایر اموری که از سوی شورای استانی یا وزارت به دبیرخانه محول می‌گردد، می‌باشد.