نخستین سطح تعاملی با پردیس علم و فناوری دانشگاه یزد که درگاهی برای ورود رسمی به عرصه کارآفرینی مبتنی بر دانش و فناوری می‌باشد مراکز نوآوری هستند. مراکز نوآوری بستری برای هم افزایی دانشجویان و دانش آموختگان علاقه‌مند به حوزه کارآفرینی است و حضور در این مجموعه‌ها فرصتی را ایجاد می‌کند که افراد ضمن افزایش مهارت‌ها و تقویت خلاقیت، گام‌های نخستین خود برای عملیاتی کردن ایده‌های کارآفرینانه‌شان را بردارند. فرصت‌ها تکمیل تیم و استفاده از خدمات مشاوره و برنامه‌های دیگر مراکز نوآوری منحصر به فرد است. در حال حاضر پذیرش در یکی از چهار مرکز نوآوری پردیس علم و فناوری دانشگاه یزد امکان‌پذیر است.

پذیرش در مراکز نوآوری به صورت شش‌ماهه انجام می‌گیرد. ترجیح این است که در قالب تیم ایده جذب مراکز نوآوری شوند ولی با توجه به اینکه کاربری اصلی مراکز نوآوری تقویت تیم و ایده‌های ورودی می‌باشد امکان پذیرش به صورت فردی نیز وجود دارد. استقرار در قالب فضای کار اشتراکی با یک برنامه حضور منظم صورت می گیرد. دوره کامل حضور یک تیم در مرکز نوآوری شش ماه است و بسته به نیاز تا سه ماه دیگر قابل تمدید است.

اخذ پذیرش در این مرحله به سادگی با تکمیل فرم مربوطه که در صفحه قوانین و مقررات پردیس موجود است صورت می‌گیرد. پس از ارسال فرم وضعیت متقاضی در شورای پذیرش بررسی و در صورت تایید پذیرش انجام خواهد گرفت و بسته به اولویت فرد متقاضی، حوزه تخصصی ایده پذیرفته شده و ظرفیت‌های خالی مراکز نوآوری پردیس، تیم برای استقرار به یکی از این مراکز معرفی خواهد شد. میزان حمایت از متقاضیان و هزینه خدمات ارائه شده در مراکز هر ساله در صفحه قوانین و مقررات پردیس بارگذاری می‌شود.